企業(yè)研究開發(fā)費用加計扣除是企業(yè)進行技術開發(fā)時普遍享受的一項稅收優(yōu)惠政策。企業(yè)所得稅法第三十條和企業(yè)所得稅法實施條例第九十五條有關研究開發(fā)費用的加計扣除規(guī)定為：企業(yè)開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用，未形成無形資產(chǎn)計入當期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實扣除的基礎上，按照研究開發(fā)費用的50%加計扣除;形成無形資產(chǎn)的，按照無形資產(chǎn)成本的150%攤銷。
　　高新技術企業(yè)進行技術開發(fā)，投入大，適用開發(fā)費用加計扣除政策能獲得很大實惠。但在企業(yè)研究開發(fā)費用歸集上，《國家稅務總局關于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發(fā)〔2008〕116號，以下簡稱辦法)和《科技部、財政部、國家稅務總局關于印發(fā)〈高新技術企業(yè)認定管理工作指引〉的通知》(國科發(fā)火〔2008〕362號，以下簡稱指引)的規(guī)定存在差異，企業(yè)在計算可加計扣除的研究開發(fā)費用時，應遵循辦法的規(guī)定，謹慎處理。
　　辦法與指引在研究開發(fā)費用規(guī)定上，主要有以下幾項差異：
　　一是在人員人工費用規(guī)定方面，辦法所列人員人工費用為在職直接從事研發(fā)活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，不包括指引所列的與任職受雇相關的其他支出，如企業(yè)為研發(fā)人員繳納的“五險一金”支出等。
　　二是在折舊費用方面，辦法所列折舊費用為專門用于研發(fā)活動的儀器、設備的折舊費租賃費，不包含指引所列研究開發(fā)項目在用建筑物的折舊費用，以及研發(fā)設施改建、改裝、裝修和修理過程中發(fā)生的長期待攤費用。
　　三是委托外部研發(fā)時，辦法要求對委托開發(fā)的項目，受托方應向委托方提供該研發(fā)項目的費用支出明細，否則，該委托開發(fā)項目的費用支出不得實行加計扣除，而指引對此沒有要求。
　　四是在其他費用方面，辦法所列其他費用包括技術圖書資料費、資料翻譯費、研發(fā)成果的論證、評審、驗收費用，不包含指引所列辦公費、通信費、專利申請維護費、高新科技研發(fā)保險費，且辦法對其他費用沒有要求不能超過總研發(fā)費用10%的比例限制。
　　此外，在費用的歸集上，目前還有不明確的地方。比如委托開發(fā)，對于包括在委托方開發(fā)費用中的受托方開發(fā)利潤是否可以作為符合條件的研發(fā)費用作加計扣除尚不明確。再如合作開發(fā)，辦法規(guī)定，對企業(yè)共同合作開發(fā)的項目，由合作各方就自身承擔的研發(fā)費用分別按照規(guī)定計算加計扣除。“合作各方自身承擔的研發(fā)費用”是各方實際支付的研發(fā)費用，還是按照合作開發(fā)協(xié)議應當承擔的研發(fā)費用尚不明確。
　　從上述兩個文件的分析比較可以看出，辦法規(guī)定的可加計扣除的研究開發(fā)費用，并非是按照指引所歸集的全部研究開發(fā)費用，按辦法歸集的研究開發(fā)費用的口徑小于指引歸集的研究開發(fā)費用。因此，高新技術企業(yè)應嚴格按照辦法的規(guī)定進行研究開發(fā)費加計扣除。